Was eine Archive Invalidation ist und was sie tut, findest du im ersten Post dieses Threads unter Punkt 4. Das schlimmste was dir passieren kann, sind Probleme mit Mods, d.h. dass Pfade zu Dateien nicht gefunden oder falsch zugeordnet werden.
Wenn du mit dem OBMM arbeitest, wirst du feststellen, dass der Inhalt deiner Archive Invalidation sehr klein ist. Das Teil schein eine Menge intern zu speichern. Deshalb kann man damit auch problemlos Mods zufügen und ohne Reste wieder entfernen.
Das originäre Oblivion hat keine Archive Invalidation.